Przewlekłość postępowań i liczne naruszenia przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego to główne nieprawidłowości stwierdzone przez NIK w kontroli dotyczącej zatwierdzania taryf dla zbiorowego zaopatrzenia w wodę i zbiorowego odprowadzania ścieków przez Wody Polskie. W opinii NIK organ regulacyjny nie realizował swojego zadania zgodnie z prawem, terminowo i rzetelnie. Przyczyną był nieskuteczny system kontroli zarządczej, a także braki kadrowe i fluktuacja kadr w regionalnych zarządach gospodarki wodnej.