Centralne Biuro Antykorupcyjne (CBA) zabezpiecza dokumenty dotyczące programu „Czyste Powietrze” w siedzibie Ministerstwa Klimatu i Środowiska (MKiŚ) oraz w funduszach ochrony środowiska i gospodarki wodnej.   Wielowątkowe śledztwo, nadzorowane przez Prokuraturę Europejską, dotyczy nieprawidłowości przy wdrażaniu kolejnych etapów programu od 1 czerwca 2021 r.