Wody powierzchniowe są zanieczyszczane przez substancje, które w nich nie występują w ogóle, bądź też występują w stężeniach znacznie mniejszych. Wyróżnia się: zanieczyszczenia nietoksyczne, do których należą głównie substancje zwiększające trofię wód i substancje organiczne oraz zanieczyszczenia toksyczne zawierające substancje antropogeniczne (pestycydy, detergenty, syntetyczne związki organiczne, ścieki przemysłowe).
Eutrofizacja wód powierzchniowych polega na wzroście ich żyzności (trofii). Jest to głównie wynikiem zwiększenia się stężenia związków azotu i fosforu. Oba pierwiastki wchodzą w skład biogenów, gdyż są niezbędne do życia roślin. Naturalnie w przyrodzie postępujący proces eutrofizacji wód powierzchniowych w XX wieku został gwałtownie przyśpieszony poprzez wprowadzenie do wód ścieków oraz zwiększone wymywanie związków azotu i fosforu z terenów, na których prowadzona jest intensywna gospodarka rolna i leśna.
Szczególnie niekorzystny wpływ powyższych procesów uwidacznia się w mało żyznych wodach oligotroficznych. Nadmierna żyzność wód powoduje masowy rozwój fitoplanktonu. Uwidacznia się to w lecie w formie „zakwitów wodnych” pokrywających cienką warstwą powierzchnię małych zbiorników wodnych, „płatów kożuchów” (przypominającymi skórę ropuchy), spotykanych zwłaszcza wzdłuż brzegów jezior, albo „gęstej zielonej zawiesiny” tworzącej się w zbiornikach retencyjnych i wolno płynących rzekach.
W jeziorach występują g...