Proces produkcji biopaliw (estrów metylowych) z punktu widzenia efektywności ekonomicznej jest zjawiskiem złożonym. Dokonując oceny efektywności procesu należy rozpatrzyć go w trzech zasadniczych płaszczyznach: racjonalizacji kosztów produkcji, maksymalnego odzyskania produktów ubocznych powstających w wyniku procesu technologicznego oraz działań zmierzających do zmniejszenia strat powstających w procesie produkcji.

W bilansie kosztów ważną rolę odgrywają dwie pozycje: koszt ziarna rzepakowego oraz koszt paliwa. Koszt ziarna rzepakowego decyduje w zasadniczy stopniu o opłacalności całego przedsięwzięcia. W warunkach potrzeby utrzymania stabilnej ceny estru metylowego, istnieje konieczność zapewnienia ziarna rzepakowego z gospodarstwa własnego, bądź kontraktacji w ramach wieloletnich umów z producentami rzepaku. Każde inne rozwiązanie, jak zakup rzepaku, oleju surowego bądź rafinowanego w ciągu roku z innych źródeł, rodzi poważne skutki negatywne o charakterze ekonomicznym i organizacyjnym.
Wieloletnie doświadczenie dowodzi, że cena ziarna rzepakowego, a w szczególności oleju surowego, pomiędzy jednymi a drugimi zbiorami wzrasta nawet do 25%, co związane jest z kosztami przechowywania ziarna, po czym wraca do ceny wyjściowej. W przypadku oleju spożywczego rynek zaakceptował tak znaczne różnice cen na przestrzeni roku, natomiast jest to niemożliwe w stosunku do paliwa, bowiem rynkiem tym rządzą zup...