W przekonaniu samorządów ograniczenia te dotyczą urzędów gmin, inwestorów, rolników, przedsiębiorców i mieszkańców. Wszyscy oni, bez wyjątku, traktują Naturę 2000 jako czynnik ograniczający w gminie przestrzeń, gdzie mogłyby być realizowane różnego rodzaju inwestycje. Ich zdaniem w dotychczasowy tryb zarządzania gminną gospodarką wprowadzonych zostało wiele utrudnień. Badania przeprowadzone wśród wójtów gmin, w których wytyczone zostały obszary Natury 2000 zajmujące powyżej 80% powierzchni tych gmin, wyraźnie wskazują, że ustanowione odgórnie tereny ?naturowe? są traktowane z dużą rezerwą, a nawet niechęcią. Wyłania się pięć grup problemowych.

Problemy ogólnorozwojowe i inwestycyjne
Wśród problemów ogólnorozwojowych można wymienić brak wyraźnych korzyści wynikających z faktu posiadania na swoim terenie obszarów Natura 2000, np. dodatkowych preferencji w konkursach związanych z dofinansowaniem inwestycji gminnych, czy ograniczenia aktywności inwestycyjnej
gminy w dziedzinie infrastruktury, zwłaszcza drogowej. Ponadto samorządy napotykają na istotne utrudnienia w rozwoju miast włączonych do sieci Natura 2000, w których skoncentrowana jest działalność produkcyjna i usługowa (np. miejscowość Brok), a rygory Natury 2000 ograniczają i zniechęcają potencjalnych inwestorów (np. kwestia stawiania elektrowni wiatrowych). Problemy inwestycyjne dotyczą przede wszystkim wydłużenia czasu realizacji
przedsięwzięć, także komunalnych, związanych z uzyskiwaniem pozwoleń na budowę czy różnego rodzaju uzgodnień, niepewności przy uzyskiwaniu pozwolenia na budowę oraz dodatkowych kosztów inwestycji, związanych z oceną i raportem oddziaływania zadania na środowisko. Brakuje też ścisłego wykazu inwestycji jednoznacznie kwalifikujących dane przedsięwzięcie gospodarcze do jednej z trzech grup inwestycji wymagających innej
ścieżki decyzyjnej (obligatoryjny raport czy ocena oddziaływania na środowisko, decyzja wojewódzkiego konserwatora przyrody o rodzaju wymaganych dokumentów). Samorządy narzekają ponadto na ograniczenie możliwości realizacji projektów inwestycyjnych w okresie lęgowym ptaków (wiosna-lato) oraz na jednolite traktowanie dużych i małych inwestycji w odniesieniu do koniecznych pozwoleń i wymogów.

Inne dylematy
Problemy gospodarki rolnej, a zatem m.in. brak zgody na zalesianie gruntów czy zakaz konserwacji urządzeń melioracyjnych (co powoduje wiosenne zalewanie gruntów rolnych) również podważają sens tworzenia obszarów ?naturowych?. Kolejne problemy to podnoszenie się poziomu wód gruntowych
w związku z zasypywaniem melioracji, by polepszyć warunki siedliskowe chronionych ptaków, nierekompensowane szkody wyrządzone przez zwierzynę leśną (bobry, dziki, żurawie) czy też brak odszkodowań z tytułu ograniczeń w zagospodarowywaniu łąk, mokradeł i innych typów siedlisk zgodnie z własnymi preferencjami (np. utrudnienia hodowli konika polskiego w Lelkowie). Przedstawiciele gmin skarżą się też na utrudnienia inwestycyjne np. przy budowie płyt obornikowych, zbiorników na gnojówkę czy budynków inwentarskich ? pomimo prośrodowiskowego charakteru, podlegają one tym samym procedurom co inne inwestycje. Nie ma także rekompensat za sporządzanie ocen oddziaływania na środowisko inwestycji w rolnictwie, a ponadto trzeba ograniczać stosowanie chemii rolnej. Z problemami ?naturowymi? borykają się również lokalni przedsiębiorcy. Dotyczą one zmniejszenia możliwości pozyskania lokalnego surowca drzewnego, co wynika z bardziej rygorystycznego podejścia do planów zagospodarowywania lasów, a to przekłada się na wyższe koszty funkcjonowania branży drzewnej. Przedsiębiorcy mają obawy co do możliwości utrzymania i remontów leśnych dróg wykorzystywanych przez nadleśnictwa m.in. przy pozyskaniu drewna, poza tym są ograniczani przy eksploatacji lokalnych zasobów
przyrodniczych. Niebagatelny wpływ na tę sytuację ma brak polityki informacyjnej władz centralnych, dotyczącej tworzenia i funkcjonowania sieci Natura 2000, skierowanej do mieszkańców i władz gmin, a także poczucie przedmiotowego, wręcz aroganckiego potraktowania samorządów lokalnych
przez władze centralne, sankcjonujące objęcie obszarami ?naturowymi? teren gminy. Obawy samorządowców budzi niepewność co do przepisów, do których należałoby się stosować: czy dotyczących obszarów chronionych wcześniej (parków narodowych, krajobrazowych), czy też sieci Natura 2000, oraz brak planów ochrony tych obszarów, co powoduje, że potencjalni inwestorzy ? nie znając dokładnie ograniczeń związanych z funkcjonowaniem danego terenu ? rezygnują z podejmowanych działań inwestycyjnych. Nacisk na zrównoważony rozwój Wypowiedzi władz lokalnych potwierdzają, 
że Program Natura 2000 budzi wiele obaw i to w różnych aspektach. Codzienna praktyka życia gmin dowodzi, że jest on postrzegany jako blokada rozwoju i inwestycji. Niezrozumienie dla Natury 2000 wynika z niedostatecznej edukacji i wiedzy na temat istoty tego przedsięwzięcia. Natura 2000 ma być filtrem oddzielającym inwestycje dobrze zaplanowane od źle przygotowywanych, bowiem jest to Program wymuszający zrównoważony rozwój. Jeżeli przedsięwzięcie jest dobrze zaprojektowane, z pełnym poszanowaniem środowiska i przyrody, to Natura 2000 nie stanowi zagrożenia dla inwestycji i rozwoju. Będzie w opozycji, jeżeli projekt okaże się zły, a środowisko zostanie potraktowane lekceważąco. Istotą regulowania zakresu dopuszczalnej działalności gospodarczej w ostojach są właściwie przeprowadzone oceny oddziaływania na chronione siedliska i siedliska chronionych gatunków. Zgodnie z art. 36 ust. 1 ustawy o ochronie przyrody (tekst jednolity z 3 października 2008 r.): ?Na obszarach Natura 2000 nie podlega
ograniczeniu działalność związana z utrzymaniem urządzeń i obiektów służących bezpieczeństwu przeciwpowodziowemu oraz działalność  gospodarcza, rolna, leśna, łowiecka i rybacka, a także amatorski połów ryb, jeżeli nie oddziałuje znacząco negatywnie na cele ochrony obszaru
Natura 2000?. Należy mieć świadomość, że nie wszystkie inwestycje można realizować, z niektórych trzeba zrezygnować, a innym zmienić lokalizację. Wszystkie kompromisy mają jednak prowadzić do głównego założenia ? rozwoju zrównoważonego. 

Natura 2000 a turystyka
Wbrew wielu negatywnym praktykom i konfliktom, które napotyka się w polskich realiach przy wprowadzaniu Programu Natura 2000, można wskazać wiele przykładów świadczących o korzyściach, jakie gminy czerpią z istnienia tych obszarów na swoim terenie. Często, wbrew obawom (zwłaszcza przedstawicieli samorządów lokalnych), tereny objęte Programem stają się magnesem, swoistą ?marką? regionu czy gminy, przyciągającym turystów, a nie jej utrapieniem. Nie są one bowiem wyłączone spod użytkowania turystycznego ? poza przypadkami (terenami i gatunkami) objętymi prawem ochrony ścisłej, w których nie może być prowadzona żadna gospodarka. Turystyka zrównoważona może być wręcz wsparciem dla ochrony terenów cennych przyrodniczo. Poprzez ich rozwój i promocję turystyka może dawać szansę godnego życia dla lokalnych społeczności lub też stanowić konkurencję dla bardziej szkodliwych dla środowiska dziedzin rozwoju. Niestety, czasem działalność turystyczna (w szczególności turystyka masowa) może również negatywnie wpływać na środowisko i wręcz powodować jego całkowitą degradację. Aby nie doprowadzić do takiego stanu,
w działalności turystycznej należy zastosować kilka zasad. Chodzi o poszanowanie dla zasobów przyrodniczych oraz reguły istnienia ww. obszarów, przemyślane inwestycje związane z rozwojem infrastruktury turystycznej, zgodne z wymogami obszarów, podlegające ocenie oddziaływania na środowisko, oraz promowanie przyjaznych przyrodzie form turystyki, takich jak wędrówki piesze, kajakarstwo, jeździectwo czy turystyka rowerowa. Warto również unikać organizacji turystyki masowej na ww. obszarach (lub organizować ją w ograniczonym stopniu, z zachowaniem wszelkich środków ostrożności), oszczędnie gospodarować zasobami przyrodniczymi, promować rozbudowę urządzeń turystycznych, chroniących region przed nadmierną
i zbyt swobodną, bo szkodliwą dla środowiska penetracją turystyczną (wiaty, wieże widokowe, miejsca postojowe, pola biwakowe, ścieżki rowerowe, szlaki konne itp.) oraz przygotowywać ofertę turystyki przyrodniczej i gospodarki turystycznej, która będzie funkcjonowała zgodnie z nowymi przepisami i znanymi już zasadami zrównoważonego rozwoju. Powinno się też pomyśleć o przeniesieniu głównego nurtu ruchu turystycznego poza obszar chroniony (np. do centrów edukacji ekologicznej czy innych atrakcji związanych z przyrodą i kulturą, ale umiejscowionych poza obszarem) oraz o współpracy branży turystycznej i podmiotów ustawowo chroniących przyrodę z innymi instytucjami turystycznymi (zwłaszcza prowadzącymi działalność krajoznawczą ? np. Polskim Towarzystwem Turystyczno-Krajoznawczym czy Związkiem Harcerstwa Polskiego).

Zmiana myślenia
Zarówno wyznaczanie terenów Natura 2000, jak i tworzenie ustawodawstwa to procesy bardzo młode. Brakuje odpowiednio przygotowanej kadry, dobrej woli do kompromisu, a także przykładów kompleksowych rozwiązań, które gminy mogłyby wdrażać na swoich terenach. Złożoność procesów związanych z tworzeniem obszarów ?naturowych? ujawniła także nieumiejętność pozyskiwania środków unijnych. Aby mogły nastąpić jakieś zmiany
w nastawieniu samorządów do Programu Natura 2000, niezbędna jest zmiana myślenia ? należy skupić się na zaletach, a nie wadach sieci. Ważne są nie tylko aspekty techniczne, ale także konieczność przeobrażeń w mentalności społeczeństwa, również na poziomie gminnym. Temu mają służyć szkolenia i konferencje, angażujące różne środowiska. Powinni brać w nich udział nie tylko samorządowcy, którzy uczestniczą w procesie realizacji
tego Programu (w charakterze beneficjenta i organu uczestniczącego w wydawaniu decyzji środowiskowych), ale również naukowcy i specjaliści, których wiedza i doświadczenie pozwolą profesjonal-nie realizować przedsięwzięcia kojarzące interes gminny i środowiska.