W wielu przypadkach pojawiają się uzasadnione wątpliwości co do możliwości usuwania drzew lub krzewów w okresie lęgowym ptaków w sytuacji, w której konkretne drzewa nie stanowią miejsca ich występowania. Również w mediach bardzo często pojawiają się informacje o tym, że w okresie lęgowym ptaków drzew usuwać nie wolno.

W takich jednak przypadkach organy administracji w zezwoleniach na usunięcie drzew lub krzewów wskazują, że: Usunięcie drzew może nastąpić w terminie do dnia 31 stycznia 2019 r., pod warunkiem uzyskania pozwolenia na budowę (art. 83d ust. 5 ustawy o ochronie przyrody) oraz z uwzględnieniem okresu ochronnego dla miejsc lęgowych ptaków, trwającego od dnia 1 marca, do dnia 15 października. Obecność miejsc lęgowych obliguje do uzyskania pozwolenia na ich likwidację od Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska. Naruszenie gniazd w okresie lęgowym jest wykroczeniem podlegającym przepisom karnym. Oględziny dotyczące występowania w obrębie drzew roślin i zwierząt gatunków chronionych nie były efektywne ze względu na gęstość zadrzewienia i pełnię okresu wegetacyjnego, co nie zwalnia strony z obowiązku przestrzegania zakazów określonych w art. 51 i 52 ustawy o ochronie przyrody obowiązujących w stosunku do roślin, zwierząt i grzybów objętych ochroną gatunkową.

Tego typu postanowienia decyzji z reguły nie są wyjaśnione w jej uzasadnieniu. W związku z tym w praktyce ciągle pojawia się wątpliwość, czy w świetle obowiązujący...