Realizacja przedsięwzięć dofinansowanych ze środków Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej podlega systematycznym kontrolom prowadzonym przez wyspecjalizowane komórki wewnętrzne i zewnętrzne. Zajmują się nimi pracownicy jednostek organizacyjnych przy wykonywaniu bieżących zadań, a także Departamenty: Kontroli Terenowej oraz Dokumentacji i Realizacji Umów.

Ponadto, zgodnie z ustawą o finansach publicznych, w Narodowym Funduszu funkcjonuje Zespół Audytu Wewnętrznego, który dokonuje niezależnej oceny systemów zarządzania i kontroli.
Do zadań tych komórek należy sprawowanie kontroli merytorycznej, formalnej, finansowej i rachunkowej.
Kontrole zewnętrzne obejmują m.in. zapewnienie przestrzegania procedur i wytycznych, ocenę wstępnej celowości zaciągania zobowiązań finansowych i wydatkowania środków publicznych wraz z możliwością ich zwrotu oraz badanie i porównywanie stanu faktycznego ze stanem wymaganym. Analizowana jest także ocena prowadzenia gospodarki finansowej, legalność wydatkowania środków (zgodność z obowiązującymi przepisami prawa), gospodarność (zapewnienie oszczędnego i efektywnego wykorzystania środków, właściwe relacje pomiędzy nakładami a efektami czy zapobieganie i ograniczanie wysokości szkód) oraz zgodność wydatkowania środków z celami statutowymi Funduszu. Podczas kontroli wewnętrznej badana jest rzetelność wypełniania obowiązków przez komórki Narodowego Funduszu i pracowników. Zwraca się w nich również uwagę na pr...